廣東內伶仃福田自然保護區建于1984年10月，1988年5月晉升為國家級自然保護區，總面積921.64公頃，它由內伶仃島和福田紅樹(shù)林兩個(gè)區域組成，兩者為海域分割，是兩個(gè)相對獨立的生態(tài)系統。
（一）內伶仃島
內伶仃島位于珠江口伶仃洋東側，地處深圳、珠海、香港、澳門(mén)四城市的中間，東距香港9公里，西距珠海30公里，北距深圳蛇口17公里。地理位置為東經(jīng)113°47′—113°49′北緯22°24′—22°26′之間，面積為554公頃，高潮位480公頃，島上最高峰尖峰山海拔340.9米。
內伶仃島原名零丁山或伶仃山，因文天祥當年“零丁洋里嘆零丁”而聞名于世。
1951年1月，內伶仃島解放。1952年部隊與地方政府配合，將內伶仃島100多戶(hù)居民遷離并分別安置到寶安、珠海、中山、東莞等地居住。自1954年開(kāi)始，部隊在島上建設了營(yíng)區、道路、坑道、碼頭等戰備設施，并種植了荔枝等果樹(shù)。1962年，為解決島上部隊發(fā)展需要，寶安縣人民委員會(huì )將蛇口公社管委會(huì )所管轄的18戶(hù)農民劃歸島上部隊領(lǐng)導，由部隊具體安排生產(chǎn)。1985年裁軍后島上營(yíng)房和土地移交廣州軍區，由珠海房地產(chǎn)管理局管理和使用。1995年8月，廣州軍區珠海房地產(chǎn)管理處將駐島部隊在內伶仃島上的房地產(chǎn)、營(yíng)區附屬設施及相關(guān)資料移交保利南方總公司進(jìn)行開(kāi)發(fā)。目前，內伶仃島駐島部隊為深圳警備區內伶仃島守備分隊，人數為8人，營(yíng)房位于東灣。
在新中國成立后到1990年以前，一直歸屬深圳管轄。1990年，珠海以1952年12月政務(wù)院下發(fā)的批準設立漁民縣（后改名為珠?？h）文件為依據，認為內伶仃島管轄權應由珠海行使。內伶仃島管轄權歸屬爭議由此而起。1992年，廣東省民政廳下發(fā)《關(guān)于深圳市與珠海市之間海涂行政界線(xiàn)劃定問(wèn)題和裁決書(shū)》，將內伶仃島劃歸珠海管轄。2009年9月25日，廣東省政府明確內伶仃島歸屬深圳市管轄，結束了深圳珠海長(cháng)達19年的管轄之爭。
內伶仃島峰青巒秀，翠疊綠擁，秀水長(cháng)流，保存著(zhù)較完整的南亞熱帶常綠闊葉林，基本為植物覆蓋，以次生林為主。植物種類(lèi)繁多，有野生維管植物569種，約占廣東維管植物總種數的10.2%，其中白桂木、野生荔枝、野生龍眼等為國家重點(diǎn)保護野生植物，其中野生荔枝、野生龍眼是重要種質(zhì)資源。
野生動(dòng)物資源也十分豐富，主要保護對象為國家二級保護獸類(lèi)獼猴，總數達1200多只。此外還有水獺、穿山甲、黑耳鳶、蟒蛇、虎紋蛙等重點(diǎn)保護動(dòng)物。
內伶仃島的核心區約178公頃，坐落在南峰坳—尖峰山—東角山的山脊線(xiàn)以南和西南部，至環(huán)島公路為界，水源充足，是獼猴集中的區域。
內伶仃島是研究生態(tài)系統規律與自然保護的理想場(chǎng)所，在監測生態(tài)環(huán)境變化和預警生態(tài)與自然災害發(fā)生方面具有特殊的保護價(jià)值，加上島上文天祥的愛(ài)國歷史背景，有利于提高市民的環(huán)保意識和愛(ài)國意識，是開(kāi)展科普教育和愛(ài)國主義教育的重要基地。
（二）福田紅樹(shù)林
福田紅樹(shù)林位于深圳灣東北部，東起新州河口，西至深圳灣公園，南達灘涂外海域和深圳河口，北至廣深高速公路，沿海岸線(xiàn)長(cháng)約9公里，地理坐標為東經(jīng)113°45′，北緯22°32′，總面積367.64公頃，是全國唯一一個(gè)處在城市腹地、面積最小的國家級保護區。
福田紅樹(shù)林與拉姆薩爾國際重要濕地——香港米埔保護區隔水相望(最近距離約300米)，共同組成了深圳灣紅樹(shù)林濕地生態(tài)系統，為我國南方重要濕地之一。該處河海交匯，咸淡水混合，并伴有潮汐現象，豐富的有機質(zhì)和肥沃的水質(zhì)，為紅樹(shù)林濕地的發(fā)育提供了良好的地貌與物質(zhì)環(huán)境。區內的紅樹(shù) 林成帶狀分布、群落簡(jiǎn)單，林中最寬處約50米，主要由3個(gè)鄉土群落(秋茄、桐花樹(shù)和白骨壤)和1個(gè)引種人工群落(海桑和無(wú)瓣海桑)組成。
福田保護區中紅樹(shù)林的面積約100公頃，具有豐富的生物多樣性，有高等植物175種，其中紅樹(shù)林植物16種，本地自然生長(cháng)的紅樹(shù)林植物12種，如海漆、秋茄、桐花樹(shù)、白骨壤、老鼠勒、木欖等。
紅樹(shù)林保護區也是重要的鳥(niǎo)類(lèi)棲息地，共有鳥(niǎo)類(lèi)約200種，其中23種為國家重點(diǎn)保護鳥(niǎo)類(lèi)，如卷羽鵜鶘、海鸕鶿、白琵鷺、黑臉琵鷺、黃嘴白鷺、鶚、黑嘴鷗、褐翅鴉鵑等，其中全球極度瀕危鳥(niǎo)類(lèi)黑臉琵鷺在此處的數量，約占全球總量的15%，據調查，2012年全球有2693只黑臉琵鷺，深圳灣為390只。每年都有數十萬(wàn)只以上長(cháng)途遷徙的候鳥(niǎo)在深圳灣停歇，是東半球國際候鳥(niǎo)南北遷徙通道上重要的“中轉站”、“停歇地”和“加油站”。
福田紅樹(shù)林生態(tài)系統是位于深圳和香港兩地間的一塊綠洲，是大自然賜于深圳市人民的一塊瑰寶，對維持地區的生態(tài)平衡起著(zhù)重要作用，被譽(yù)為深圳灣旁邊的一道綠色長(cháng)城，具有無(wú)可替代的生態(tài)、文化和社會(huì )價(jià)值。保護區內地勢平坦、開(kāi)闊，有沼澤、淺水和林木等多種自然景觀(guān)，“落霞與千鳥(niǎo)齊飛、靜水共長(cháng)天一色”的自然美景，彰顯城市與環(huán)境、人與自然和諧共處。福田紅樹(shù)林是展示城市生態(tài)文明建設成果的窗口，是深圳市的一張生態(tài)名片。